Die Universität wird von einem Rektorat geleitet, dem der Rektor, der Prorektor für Bildung, der Prorektor für Wissenschaft und die Kanzlerin angehören. Der Rektor ist der Vorsitzende des Rektorates und vertritt die Universität nach außen.

Der Prorektor für Bildung leitet in ständiger Vertretung des Rektors den Senatsausschuss für Studium und Lehre (Studienausschuss). Der Prorektor für Wissenschaft und Forschung leitet in ständiger Vertretung des Rektors den Senatsausschuss für Forschung und wissenschaftlichen Nachwuchs (Forschungsausschuss). Die Kanzlerin ist die leitende Beamtin der Hochschulverwaltung und Beauftragte für den Haushalt. Sie leitet als ständige Vertreterin des Rektors den Senatsausschuss für Hochschulentwicklung und Qualitätssicherung.

Das Rektorat wird in der Umsetzung seiner Leitungsaufgaben unterstützt durch Referate, Stabsstellen und die Beauftragten. Den Dezernaten obliegt die Planung und Verwaltung der Ressourcen.